系统中采用了未经软化处理的自来水（硬水）作循环介质，经过几个冬夏运行，即会形成严重程度不等的水垢。另外，开式水循环系统中溶解氧对管壁会产生腐蚀作用。
管内产生水垢和铁锈（包括热媒水系统和冷却水循环系统），使管内水流断面积减小，水流阻力增大，循环流量也随之减小，从而影响空调的使用效果。其次，附着在管道内壁上的水垢脱落后，还会造成系统管路的堵塞。另外，在风机盘管机组和变风量空调器的表冷器内产生的水垢，会显著增大热阻，严重影响冷、热交换，大大减弱空调设备的作用效果，甚至还会影响设备的使用寿命。
因此，为了防止水垢的产生，从设计到施工和运行使用，各方面都应重视所用热媒水的水质，做好防垢措施。如果条件允许的话，可采用软水作热媒水且热媒水的温度宜控制在60℃以下。在无软水水源的条件下，应对系统定期进行水质处理，其最简单的方法是：在水质处理前，进行必要的清洗，将系统内的粘泥、污垢、铁锈等清除干净，为水处理作准备。然后，在冷却塔和膨胀水箱内加药（密式膨胀水箱须配加药装置），固体药剂必须溶解后加入。这样，通过系统的不断循环，将管内的粘泥、污垢、铁锈排出系统，从而达到改善水质的目的。
