施工合同的内容常常包括工程范围、建设工期、中间交工工程的开工和竣工时间、工程质量、工程造价、技术资料交付时间、材料和设备供应责任、拨款和结算、竣工验收、质量保修范围和质量保证期、双方互相协作等条款。建设工程合同中事关当事人权利义务的核心是工程结算，而影响工程结算的往往涉及三个方面：工程量、建设期、施工质量。
其他条款的变化对工程结算影响不大，一般只涉及违约责任的判断，而违约责任的认定与工程价款的结算可以看做两个不同范畴解决的问题，可将之作为非属于实质性内容的变更，应不影响合同的效力。因此，如果备案的合同与未备案的合同在工程量、建设工期、施工质量方面均未有改变，但结算价款不同，当属于实质性内容的变化，未备案的合同应属于无效的黑合同。但上述情形并不是绝对的，在掌握时还应考虑，一是看实质性内容的变化是否更有利于工程质量。如果招投标并签订合同时要求的工程质量为合格，而订立合同后要求工程达到优良，必然相应提高工程价款，变更合同符合符合权利义务相一致原则，对其他投标人并不存在影响其利益问题。二是看合同价款的变化是否超过合同价的三分之一以上。如果变化很大，应当重新进行招标并备案，否则有互相串通损害其他投标人利益的嫌疑。
