“双万计划”的建设将面向各类高校，不同类型的普通本科高校都可建设一流本科专业，鼓励分类发展、特色发展;面向全部92个本科专业类，分年度开展一流本科专业点建设;突出示范领跑，建设新工科、新医科、新农科、新文科示范性本科专业，引领带动高校优化专业结构、促进专业建设质量提升;分“赛道”建设，中央高校、地方高校名额分列，向地方高校倾斜，同时鼓励支持高校在服务国家和区域经济社会发展中建设一流本科专业。
另外，该计划分“两步走”实施，报送的专业第一步被确定为国家级一流本科专业建设点;教育部组织开展专业认证，通过后再确定为国家级一流本科专业。
在建设方式上，教育部要求，国家级一流本科专业建设工作分三年完成，每年3月启动，经高校网上报送、教育主管部门或高校提交汇总材料、高等学校教学指导委员会提出推荐意见等，确定建设点名单，当年10月公布结果。
省级一流本科专业建设方案由各省级教育行政部门制订，按照建设总量不超过本行政区域内本科专业布点总数的20%，分三年统筹规划，报教育部备案后与国家级一流专业建设同步组织实施。每年9月底前，各省级教育行政部门将本年度省级一流本科专业建设点名单报教育部，当年10月与国家级一流本科专业建设点名单一并公布。
入选省级一流本科专业建设点的专业，如同时入选国家级一流本科专业建设点，按照国家级一流本科专业建设点公布。空出的省级一流本科专业建设点名额可延至下一年度使用。
各高校报送的专业应当定位明确，服务面向清晰，适应国家和区域经济社会发展需要，符合学校发展定位和办学方向;专业管理规范，近三年未出现重大安全责任事故;改革成效突出，以新理念、新形态、新方法引领带动新工科、新医科、新农科、新文科建设;师资力量雄厚，教育教学研究活动广泛开展，专业教学团队结构合理、整体素质水平高;培养质量一流，毕业生行业认可度高、社会整体评价好。
教育部和省级教育行政部门加强对计划实施过程跟踪，对于建设质量不达标、出现严重质量问题的专业建设点予以撤销。
