1.投资立项阶段主要风险的识别。首先，建筑企业工程项目投资立项阶段审计是审核工程项目的立项论证过程、审查和评估上报的项目可行性研究报告的合理性、真实性、完整性。可行性研究报告是投资的方向和决策、贷款申请和资金筹集、项目初步设计的根据，是保证项目投资成功率关键所在。涉及的财务指标有财务内部收益率、投资利税率、财务净现值、投资回收期、资本金利润率等。其次，征地拆迁费的监管是项目是否能顺利实施、工期是否能按时交工的关键所在，征地补偿金、拆迁补偿金、规费、工作经费和征地拆迁资金也是审计的主要风险所在。最后，前期工作是控制工程项目投资的重要环节。由于受国家政策和地方政府利益的影响，发生“超额”现象十分普遍，为了保证项目的前期费用合法性、合规性、真实性，把项目的前期费用降到最低水平，对项目的前期费用进行审计十分重要。
2.设计勘察阶段主要风险的识别。设计勘察阶段主要风险在于工程项目的投资估算、设计概算以及施工图的预算三个方面。首先，投资估算是对工程项目的建造内容、规模大小、需要解决的技术难题、设备人员选择方案等进行深入探究，估算工程项目所需资金以及所需资金的分年测算，是项目投资决策关键的数据支持所在。其次，设计概算是通过专业设计规划机构依据初步设计方案，按照规划设计的需求，依据国家和地方概预算指标、定额要求和材料、设备的市场价格等资料，概略计算出项目的成本造价，是造价管理的关键环节。最后，施工图设计完成后，需要对人员、设备和施工机械台班等进行定额，如果工程量的审核不准确，会导致概算和预算无法对后期投资进行有效控制，造成投资突破概预算。
3.招投标阶段主要风险的识别。新项目的建设是带动企业发展壮大的源泉，在市场经济条件下，市场竞争力要求我们择优选用供应商，凸显了招投标环节的重要性。工程量清单审查与招标控制价核算是该阶段重点审核对象。工程量清单记载工程项目各实物的名称、单位、数量、性质等，是进行招投标活动的根据，主要包含措施项目清单、分项工程量清单、其他项目清单和规费税金清单。工程量清单通常存在项目内容组成不完整、清单内容与招标文件内容不一致、清单项目重复记录、计算不准确等问题。在此阶段主要存在定额不准确、各项费用不全面、定额单价未考虑利润风险因素、暂估材料的单价过高等风险。
4.施工阶段主要风险的识别。施工阶段是整个工程项目投资活动的高峰期，该阶段的具体造价管理是十分繁琐的。管控过程复杂多变，这就导致了工程造价控制因素很多，很容易出现虚增造价引发投资失控的风险。施工阶段审计是工程项目全过程审计的核心阶段，在此阶段，企业内部控制制度的建立关系到财务管理工作的质量，因此，该阶段存在的审计风险主要存在于财务机构的设置和工作管理情况、资金筹集的情况、工程价款结算支付情况、工程项目成本与控制情况、资产管理情况以及对会计报表的审核。
5.竣工结算阶段主要风险的识别。工程结算阶段对工程造价造成的影响十分重大的，对竣工结算进行审计是把工程造价控制在最小范围内的重要路径。对竣工决算的审计是确保工程决算质量高低、评估投资效益大小、完善项目建设经验、改善项目管理质量的重要环节。该阶段审计风险主要是竣工财务决算报表没有按照规定的时间编制；竣工财务决算资料不齐全；投资完成额虚增；超过合同结算价付款；编制竣工财务决算报表的原始基础数据不准确、报表间勾稽关系错误等。
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