目前国家土地供给是双轨制，即农村是集体所有制土地，你是本村的人，就有土地所有权，村集体同意，国家土地部门备案后，你就可以自建房;而商品房的性质为国有土地出让，其性质为国家将土地出让于个人(期限最长70年)，其管理部门房产局。
综上即可看出：农村自建房是限于村民身份的，其自由转让存在很多体制性的硬伤，其转让依据主要为村干部见证+签订契约，因为无国家税务、管理部门参与，所有权和使用权的界定划分很困难。商品房的转让是自由的，但其前提是缴纳税 费，之后就可以上市交易.房产局过户登记为所有权变更的依据。
区别在于以下几点：
1、土地性质：
自建房要看土地性质而定，分为农村集体用地宅基地自建房和国有土地拍后自建房;
符合上市交易的商品房是国有土地出让，还有小产权房(销售人员谎称为商品房可以销售，实际上是违反相关规定的)
2、房屋所有人：
自建房所有人肯定是建房者自己;
而商品房是属于开发商，再售卖办证后才属于购房者。
3、报建审批程序：
农村是集体所有制土地，你是本村的人，就有土地所有权，村集体同意，国家土地部门备案后，你就可以自建房;
商品房则是在开发商拍下土地后，通过政府审核相关报建资料、设计资料等文件后允许建房，达到可销售程度后方能上市销售的房子。
4、是否可销售
农村集体用地自建房是不能销售的，而其土地仅能在本地转让;商品房持有合法手续及相关证件后可以上市销售。
5、管理部门：
自建房管理部门就看当地的规定，城市不同管理部门也不同;
商品房管理部门是房管局或相关房产管理部门。
